Kết quả và thảo luận

Các mã vạch DNA có độ dài đầy đủ (652 bp) có thể được phục hồi bằng việc sử dụng các mồi cá mới được thiết kế (Fish UnivF và Fish UnivR) của 86 trong số 88 loài cá (93 trong số 96 mẫu) trong bộ sưu tập mẫu mô cá đã chứng thực thu thập được từ FDA. Cả hai cường độ cao điểm và chất lượng sắp xếp chuỗi của các mã vạch tạo ra được so sánh với các chuỗi tự tạo ra với các cocktail mồi27 được sử dụng trước đó.

Bộ mồi có độ dài đầy đủ của mã vạch cho thấy tỷ lệ thành công cao hơn một chút (97,7%) trong số nhiều loài được kiểm tra so với tỷ lệ thành công 95,5% đối với những loài này được sắp xếp cùng với cocktail mồi đã phát triển trước đó.

Về các sản phẩm cá thương phẩm, các sản phẩm được kiểm định bao gồm một loạt các sản phẩm chế biến được đóng gói dạng lon, hộp thiếc, túi chịu nhiệt, bình, hoặc ống (Hình 1). Các mẫu này là tất cả các sản phẩm bảo quản lâu dài, đã trải qua các mức độ chế biến khác nhau, ví dụ như xông khói, ướp muối, .v.v. và chúng cũng chứa nhiều chất phụ gia, chất bảo quản và hương vị (Bảng 3). Những đặc điểm này có thể tác động tiêu cực đến số lượng và chất lượng của DNA chiết xuất từ ​​các mẫu này, có thể làm giảm sự phục hồi mã vạch DNA.

Mã vạch COI tiêu chuẩn của 44 sản phẩm cá chế biến được kiểm định chỉ đạt được 9 sản phẩm (20,5%) sử dụng cả bộ mồi cá phổ biến mới được thiết kế (Bảng 1) và các cocktail mồi được thiết kế trước đó27. Các mã vạch dài đầy đủ này được tạo ra từ nhiều mẫu với các mức xử lý khác nhau và với nhiều chất phụ gia khác nhau (Bảng 3). Nguyên nhân chính của sự thất bại toàn bộ mã vạch rất có thể là do sự suy thoái của DNA chiết xuất từ ​​các mẫu này do kết quả của các mức xử lý khác nhau và sự có mặt của nhiều chất phụ gia25. Các mẫu cho thấy hiệu suất khuếch đại thấp trong quá trình điện di gel và các trình tự chất lượng kém với sự đồng khuếch đại của nhiều thứ không phải mục tiêu (kết quả không được hiển thị).

Shadi Shokralla , Rosalee S. Hellberg, Sara M. Handy, Ian King và Mehdrad Hajibabaei